Había comenzado la mañana con la niebla y unas condiciones inciertas, esas que tan poco gustan a los pilotos con una pista no del todo seca. Para cuando se apagó el semáforo en la carrera de MotoGP hacía horas que no llovía aunque las nubes amenazaban con arreciar y las motos con configuración de mojado esperaban pacientemente en boxes.
Desde la salida Márquez y Lorenzo tomaron la delantera acompañados de un combativo Iannone. Se las tuvo tiesas el italiano con Marc en las primeras vueltas e incluso el piloto de Ducati -satélite- lideró la prueba durante algún paso por meta. Se rodaba con extrema precaución evitando salirse de la pista y rozar la hierba artificial, que fue lo que precisamente le sucedió a Iannone. Una vez perdió el contacto con el asfalto se terminó la prueba para él.
En cabeza los cuatro fantásticos impusieron un ritmo inalcanzable para el resto y permanecieron juntos hasta que Rossi se fue largo y corrió la misma suerte que Iannone. El transalpino tuvo que ser ingresado en la clínica móvil aunque no tiene ninguna lesión. Se quedaron, pues, los tres españoles en lucha por la victoria. Y la historia se repitió mientras la pista estuvo seca, con Márquez y Lorenzo «dando guerra», peleando por comandar la carrera, mientras Pedrosa se mantenía a la espera del momento adecuado para dar el hachazo.
Durante varios giros Pedrosa estuvo en cabeza peleando con Márquez. El 93 se las tiene tiesas en la pista con todo aquel que le ofrece un poco de guerra. En el frenesí de la batalla salieron las banderas blancas y comenzó a arreciar la lluvia. Por extraño que pareciera en directo, el primero en entrar fue Aleix Espargaró mientras los pilotos del Repsol Honda y el de Yamaha seguían en la pista rodando hasta cuatro segundos más despacio. El primero en dar el salto entre las dos motos fue Lorenzo. En esa misma vuelta Pedrosa se iba al suelo frenando al final de la recta de meta. Márquez decidió apurar una vuelta más y eso le costó la carrera. Ninguno de los dos se cayó en una derrapada o en una maniobra arriesgada.
Márquez se pudo reincorporar y cambiar de moto terminando decimotercero y quedando por delante de Pedrosa y de Rossi, manteniendo sus opciones de ser campeón en Motegi. Lorenzo celebró su primera victoria del año y formó con Aleix Espargaró y Crutchlow probablemente uno de los podios más felices e inesperados en mucho tiempo.